機動戰士高達SEED的系列作再開。這次除了我們大家熟悉的基拉（保志總一朗 配音）、阿斯蘭（石田彰 配音）等人外，還有大量新角色的登場。而故事也將演變的更爲複雜，衝突加劇，戰爭升級。
C.E.70年2月，「血染情人節」事件的輻射效應還在地球聯合軍和ZAFT中延續著。二者發動了數次對抗，傷及衆多無辜百姓。C.E.71年6月，地球聯合軍居然不顧條約發動了對中立國家奧布聯合酋長國的侵略。這讓少年真飛鳥（鈴村健一 配音）在一瞬間失去了自己全部的親人，而且都是在自己眼前。這件事對飛鳥的打擊不小，讓他這個無憂無慮的平凡少年，決定加入ZAFT。 ...