機動戰士高達SEED的系列作再開。這次除了我們大家熟悉的基拉(保志總一朗 配音)、阿斯蘭(石田彰 配音)等人外,還有大量新角色的登場。而故事也將演變的更爲複雜,衝突加劇,戰爭升級。
C.E.70年2月,「血染情人節」事件的輻射效應還在地球聯合軍和ZAFT中延續著。二者發動了數次對抗,傷及衆多無辜百姓。C.E.71年6月,地球聯合軍居然不顧條約發動了對中立國家奧布聯合酋長國的侵略。這讓少年真飛鳥(鈴村健一 配音)在一瞬間失去了自己全部的親人,而且都是在自己眼前。這件事對飛鳥的打擊不小,讓他這個無憂無慮的平凡少年,決定加入ZAFT。加入ZAFT,飛鳥遇到了許多挫折和坎坷,也看到了人性的殘忍和無奈,最嚴峻的情況是自己內心始終籠罩著家人離去的陰影。飛鳥的成長在ZAFT正式開始。他和基拉、阿斯蘭他們又會有怎樣的交集呢?