神祕的EVA零號機駕駛員綾波麗，在與碇元度約定之時，來到了NERV底層中央教條的紅色水池邊。她的命運似乎就將在此結束。
在危急時刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的對「第二次浩劫」真相以及「人類補完計劃」的探查工作，還要保護碇真嗣與明日香，以及防備SEELE 對初號機與二號機的物理接觸。
出於對碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？長期與SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，爲了防止人類「最終的悲劇」，而醞釀了的「人類補完計劃」能否實現？盡在《新世紀福音戰士》電影版第2部中解答。