神祕的EVA零號機駕駛員綾波麗,在與碇元度約定之時,來到了NERV底層中央教條的紅色水池邊。她的命運似乎就將在此結束。
在危急時刻,葛城美里不但要完成加持良治交待的對「第二次浩劫」真相以及「人類補完計劃」的探查工作,還要保護碇真嗣與明日香,以及防備SEELE 對初號機與二號機的物理接觸。
出於對碇元度的憎恨,赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案,她能否成功?長期與SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯,爲了防止人類「最終的悲劇」,而醞釀了的「人類補完計劃」能否實現?盡在《新世紀福音戰士》電影版第2部中解答。