21世紀初，人類將多數人留在被哥斯拉蹂躪的地球上，僅使被選中的人們乘上恆星間移民船·阿拉特拉姆，前往能夠移居的「約定之地·τ星e」。但這一計劃失敗，人類只得再度返回地球。而長距離亞空間航行所引發的時空歪曲，導致人類回到的地方變成了「兩萬年後的地球」。在這個地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時，與埃克西弗、比爾沙爾德兩種族的異星人共同實行謀劃了20年的「對哥斯拉戰術」，通過殊死戰鬥成功擊倒了哥斯拉。
但喜悅並未持續多久，深藏地下的真正哥斯拉「哥斯拉·地球」現身了。兩萬年間持續成長生存、身高300米、質量超過10萬噸，在進化成這種姿態的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前，晴男等人落花流水。
拯救了晴男的是被視爲人類的殘存者「弗圖亞」之民，米亞娜。弗圖亞是他們在這個地球首次遇到的人型生命種族。他們會是人類的子孫嗎——。「弗圖亞的神也被哥斯拉擊破，如今只剩下卵。挑戰者、抗爭者，全部被火焰吞噬而消失了」面對這樣的他們，晴男回應道「這是以人類的雙手奪回地球的最後機會了」。
另一方面，比爾沙爾德的指揮官·加爾格，注意到弗圖亞使用的箭頭是由「自律思考金屬體·納米金屬」所製造而歡喜。這和21世紀他們在富士山麓作爲「對哥斯拉決戰兵器」所開發、在啓動前遭到破壞的「機械哥斯拉」由同種物質所構成。這正是當時的開發設備至今仍然殘存的證明——。