奧爾法獸事件過後,隨著時間流逝,御台場地區也漸漸復興著。
「回到日本之後,我就決定一定要去大大的澡堂泡澡!」因爲美美這句話,加上爲了歡迎新加入的夥伴芽心和緬因貓獸,大家前往附近的溫泉主題公園。雖然度過了一段開心的時光,但是這兒並沒有阿丈的身影。
面對高考臨近的事實,他在高考和「被選召的孩子們」的使命之間產生了煩惱。「爲什麼又必須是我們去面對啊?」
這個時候,在御台場再度出現了感染的數碼寶貝、這是擁有著高傲靈魂的奧加獸。而看著電視中奧加獸的暴走,美美和巴魯獸決定出擊。「必須要讓人們知道,也有好的數碼寶貝!」
然而,美美和巴魯獸無視光子郎而參與的戰鬥,卻造成了意想不到的結果。各自懷揣煩惱的阿丈與美美。在月島綜合高中文化祭當天,一個男人出現在了他們面前。
如今,冒險再度進化……