本作主人公岡部倫太郎（宮野真守 配音）是個患有嚴重中二病的大學生，自稱爲「鳳凰院凶真」的他和夥伴們組成了「未來發明研究所」，在位於秋葉原的一個簡陋實驗室內進行各種古怪發明和調查。
2010年7月28日這天，岡部和青梅竹馬真由理（花澤香菜 配音）一同去了科學講義會場，在那裡，他們遇見了天才少女牧瀨紅莉棲（今井麻美 配音）。讓人意想不到的事情發生了，岡部在會館樓道內聽到一聲慘叫，他聞聲而至，發現了倒在血泊中的牧瀨。岡部用手機簡訊將這件事告訴好友橋田至，這個舉動，讓世界都顛覆了。實驗室里那個所謂的「未來道具」，竟然真的可以左右世界的進程，岡部自此成了孤獨的觀測者。
這一切都是命運石之門的選擇。