福娃之一的貝貝在夢中遇到激戰的「和平女神雅典娜」與「戰神阿瑞斯」。
戰敗的雅典娜身受重傷，她告訴貝貝：在時空隧道中的1896年，有一個隱藏了巨大能量的木盒，只有得到裡面的能量，才能恢復自己的盾牌和生命，打敗邪惡的阿瑞斯。
醒來之後，在顧拜旦來信的提示下，貝貝立下誓言：要穿越時空，回到1896年，幫助女神取得木盒。
依照雅典娜的指示：貝貝下海尋找能夠穿越時空的東方時空老人「必喜」。但卻在深海峽谷中，遇到了貪吃成性的小妖怪——皮休。他是龍之九子，必喜的弟弟。多年前因爲想吃太陽而掉入大海，目前正爲自己「永遠飢餓」的胃病而苦惱，一聽說隱藏巨大能量的木盒，也十分積極地加入了貝貝的旅行。
在皮休的帶領下，貝貝找到了必喜。必喜載著二人進入了「時空隧道」，卻在通過了二十一世紀大門之後不久，中了阿瑞斯手下普嚕嚕的埋伏，必喜雙眼失明，被迫停止旅行。
必喜要孩子們進入最近的時空——1984年，尋找一滴人類最激動最幸福時刻流下的眼淚來擦亮眼睛，才能繼續旅行，返回1896年。
皮休和貝貝分別在1984年找到了中國射擊運動員許海峯和海地馬拉松運動員拉莫特，幾經周折，貝貝從拉莫特身上取到了眼淚。兩人返回時空隧道時，卻遇到與必喜大戰的阿瑞斯，混亂中，必喜的龍之如意被奪走，身體變得虛弱，並縮小。
貝貝用眼淚替必喜恢復了視力，但只有找回如意才能穿越下一道世紀大門，進入1896年。因此必喜帶著兩個孩子開始尋找如意。
他們在不同的奧運年代都發現了如意的存在，但收集到的卻是一個一個小如意珠。原來如意被阿瑞斯分散，放置在運動員身上複製能量爲自己所用。在皮休和貝貝的努力下，如意珠被一個一個收集起來，最後還剩兩個就可以組合成龍之如意了。
這時，阿瑞斯卻製造了一起陷阱，將三人帶去他的黑暗王國——骷髏島。
在福娃兄弟姐妹的幫助下，貝貝在千鈞一髮的時刻醒來，救出皮休，逃離了骷髏島。
兩人又在其他福娃幫助下進入1988年，找到最後兩個如意珠，並藉機發現了骷髏島的祕密——只有奧運聖火才能突破通往骷髏島的大門。
可黑暗小妖將通往奧運節點的道路嚴密封鎖起來，不讓他們取得聖火。
皮休回憶起自己在東京奧運會上結識過的一個人說過，他要偷聖火回家鄉給父老鄉親看。於是他帶著貝貝去到了那個人的家鄉：鹿兒島，並在那裡拿到了燃燒了20幾年的聖火。
兩人利用聖火突破進骷髏島，救出了必喜，並拿回了所有的如意珠。
如意珠合併，形成如意，必喜也全然恢復了。他們興高采烈地去到19世紀大門前，卻發現即便有如意，大門也打不開——原來阿瑞斯眼見必喜逃脫，如意也被拿回，便強行封鎖了世紀大門，並根據皮休多嘴透露出的信息在1896年的希臘雅典尋找木盒。
在必喜的好朋友火兒姑娘的提醒下，他們才得知，打開大門的唯一方式是收集人類記憶信息。只要找到足夠的寬厚、正義、謙讓、才能、誠信（對應仁、義、禮、智、信）五種信息，便可以解除封印，打開世紀大門。
於是三人再度進入時空中的奧運會進行尋找。
在1924年巴黎奧運會上取得了哈洛德的「禮之信息」。
在1932年洛杉磯奧運會上取得了劉長春的「義之信息」。
在1936年柏林奧運會上取得了歐文斯的「仁之信息」、盧茲.朗的「義之信息」，還有擊劍選手海琳娜的「信之信息」。
在1948年倫敦奧運會上取得了芬尼的「智之信息」。
在2004年雅典奧運會上取到了來自孟關良、楊文軍及瓦爾德內爾的信息。
其間，阿瑞斯眼見事態一步步走向失敗，情急之下，只好去求助居住在死亡之海的蛇發女美杜莎，請她拿出「黑暗號角」，讓自己擁有召喚暗黑怪獸軍團的力量。
因此，當三人拿著足夠的記憶信息前去打開世紀大門時，遭到了暗黑怪獸軍團的襲擊，雙方糾纏打鬥著進入了1896年，最後貝貝用智慧擊退了怪獸，並利用雅典娜給的橄欖葉找到了埋藏木盒的位置。
不料剛挖出木盒，阿瑞斯又將木盒搶去。貝貝、皮休、必喜奮力追入骷髏島，必喜在骷髏島大門處，用自己的身體托起大門，化爲了一座石雕。
最後大戰在骷髏島展開，顧拜旦送來的其他四個福娃也加入了戰鬥，骷髏島一片天昏地暗。
阿瑞斯爲了打敗福娃，打開了木盒，不料木盒中空空如也，根本沒有他所想像的「巨大能量」，唯一飄落出來的只有一句話——「號召全世界的年輕人到賽場上去拼鬥，而不是去戰場上廝殺。」
這時，雅典娜復活，盾牌上的裂紋一一復原，她將阿瑞斯變成一團泥土，融化在了骷髏島的大地上。原本陰森恐怖的骷髏島頓時生長出繁茂的鮮花與植物，必喜石雕安詳地屹立在此。
雅典娜要他們警惕阿瑞斯復活，並告訴他們，必喜並沒有死，只要讓奧運會一直延續下去，他就有復活的一天。傷心的皮休決定留下來陪伴六哥，直到他醒來。
而福娃們則返回2008年，爲了守護奧運會而努力去了。