該劇故事發生的年代爲明崇禎十七年、清順元年(即公元1644年)，至南明永曆十六年，清康熙元年(即公元1662年)。李自成進北京逼崇禎皇帝煤山自縊，吳三桂爲報家伊引清兵入關，清軍長驅直入，明王朝因此危亡。李自成稱大順皇帝，張獻忠稱大西帝,順治在多爾袞孝莊進京後稱帝,在這特殊時期里,誰主沉浮？劇情由此展開.
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明末年間貪官汙吏橫行,民不聊生。公元1644年春正月,李自成的大順軍乘勝向明王朝的國都北京挺進；張獻忠的起義軍深入湖廣！與此同時,偏居關外的滿清攝政王多爾袞，在孝莊太后的授意下，率兵乘虛而入,逼近山海關，殺氣騰騰.
面臨內憂外患，崇禎皇帝急召吳三桂入京,臨危受命,北御強敵，南衛京師,但事敗垂成.多爾袞利用李自成副帥劉宗敏搶奪陳圓圓，策反吳三桂，使得清軍兵不血刃,長驅直入,多爾袞輔佐清廷幼君福臨在北京登基，建年號爲順治元年.
然而，中原的官民面對滿清入關定鼎同仇敵愾，紛紛擁戴舊明皇室成員，抗清復明。老桂王之子朱田榔在文武百官和李自成李獻忠舊部的推戴下，在廣東肇慶行宮登基，史稱「南明」；率先引動全國的抗清復明之勢；南京福王被史可法等立爲監國新君。福建唐王在鄭成功父子的擁戴下，形成呼應之勢，共襄北伐.
爲平息遍布中華的抗清復明烈火,多爾袞派遣西王吳三桂、定南王孔有德、敬謹親王尼堪 率領三路大軍南下清剿,就在這時多爾袞勞累身亡。鰲拜手握大權,作威作福。中華大地，狼煙滾滾，試問天下，誰主沉浮？