明朝天啓末年，朝廷暗藏著一場宮變，天啓皇帝病危待亡，卻無子嗣繼位，唯一的骨肉便是皇弟朱由檢。大內總管魏忠賢陰謀用宮女的嬰兒冒充太子承繼大統，以保住閹黨的榮華富貴。不料，那宮女卻生下一個女嬰。這時，已被驅逐出京的朱由檢被錦衣衛捕回宮中，以爲自己將被殉葬，萬沒料到竟繼位成爲崇禎皇帝。而宮女帶著女嬰逃至揚州，起名陳圓圓。
陳圓圓一日當中被賣了三次，落入妓院學藝。長成後，成了名滿天下的歌妓。
崇禎即位後，立志中興大明。然而朝廷始終內憂與外患。內憂是由於天災全國饑民過半，中原一帶以高迎祥、李自成爲首的農民軍蜂起；外患是關外的後金叛軍壓境，皇太極登基開國虎視關內。崇禎始終處於巨大的危機中，苦心竭慮地試圖挽救大明。
陳圓圓被大太監王承恩選入宮中侍駕，她屢屢抗拒崇禎「聖寵」，卻愛上了吳三桂。
中原農民軍被朝廷官軍圍困在車廂峽，即將全軍覆沒。正當崇禎調兵將想一舉全殲時，皇太極揮師南侵，兵臨京城。萬急時，崇禎堅持拒和迎戰，率軍民擊退了皇太極，但中原義軍又逃出生天，再度恢復生機。
崇禎把堅持「謀和」的薊遼總督袁崇煥凌遲處死，讓吳三桂升任寧遠主將，爲籠絡其心，將陳圓圓賞賜給他，讓他們奉旨成婚，婚後三天，吳三桂北赴邊關，陳圓圓重返宮廷淪爲人質。
高迎祥、李自成攻克鳳陽，張獻忠掘皇陵，大勝之時農民軍內部發生了分歧……崇禎得知鳳陽皇陵被毀，痛徹心肺，不食葷腥，孝衣理政。他迅即用全國力量來剿殺農民軍，闖王高迎祥被捕，押送京城處死，張獻忠也投降了官軍，李自成繼承了闖王之位。
後金日漸強勝，已完成了入關南侵的所有準備，就在出兵前夕，皇太極卻發腦中風而亡，後金宮廷也隨之陷入了奪位之爭。勤政殿上親王多爾袞與皇長子豪格領著各自的旗主橫刀相向，萬急時刻，莊妃在降臣洪承疇的指點下趁勢將小皇子福臨推上了皇位，是爲順治帝，而多爾袞成爲攝政王，後金復歸穩定。而莊妃爲了福臨的安危與後金未來，也屈身侍奉多爾袞。
李自成爲闖王后率農民軍席捲全國，迅速逼近京城……
崇禎拒絕遷都，決心守城應戰到底，但這時人心盡喪，兵無鬥志，臣子如鳥獸散。破城前夕，崇禎殺死親生骨肉，自盡於煤山，大難中，陳圓圓救下三歲的小皇子。李自成進京後，開國大順，登基爲帝並搜捕小皇子，同時他極力拉攏駐守在山海關的吳三桂，同時，關外的多爾袞也在勸降吳三桂。
李自成的部將劉宗敏愛上了陳圓圓，強行住進吳府。
吳三桂終於決定「歸漢不歸夷」率軍歸降李自成，但在進京路上遇見管家，驚聞父親被義軍殺死，愛妾被劉宗敏強占……吳三桂怒髮衝冠，立刻調頭返回山海關。關前吳三桂又遇見親自來勸降的莊妃與洪承疇，同意「順清」，並借清兵剿滅大順軍，以圖光復大明。
多爾袞爲利用吳三桂，封其爲平西王，並與他殺馬爲誓，將八旗軍全交給他指揮。
京郊，清軍、吳三桂的騎兵合擊大順軍，李自成兵敗，只得匆匆退出北京，臨行前，劉宗敏不舍陳圓圓，強行帶走了她，吳三桂大勝，但他想進京與陳圓圓相會時，卻發現整個京城都住滿了八旗軍，多爾袞甚至不准吳三桂進城祭奠崇禎與家父，嚴令他繼續追殺大順軍。吳三桂只得在城外遙遙拜祭，之後立刻統兵追殺殘餘的大順兵，同時尋救陳圓圓。
山野，吳三桂與負傷的劉宗敏決鬥，陳圓圓牽著小皇子奔來，試圖阻止，但苦勸無效，她眼見著吳三桂殺死了善良的劉宗敏。……也就這時，李自成也在深山力戰而亡，京城裡小順治被迎上了太和殿，滿清占領了天下。吳三桂與陳圓圓破鏡重圓了。
首先，多爾袞「以漢剿漢」令吳三桂南下追剿大明殘餘。在進兵路上，天下百姓都在唾罵吳三桂與陳圓圓，認爲這一對癡男怨女是禍水，禍國殃民導致了大明滅亡，這時吳三桂倍感痛苦與悲憤……
接著，多爾袞在全國範圍內搜殺「朱三太子」，而這個小皇子正依偎在陳圓圓懷抱中，相互之間已親如姐弟……最令吳三桂痛苦的是，這時的陳圓圓突然懷孕了，吳三桂搞不清陳圓圓肚裡孩子是自己的？崇禎的？還是劉宗敏的？……甚至連陳圓圓也搞不清。吳三桂覺得自己作爲一個男子漢，忍受著天下最大屈辱！當滿清密使要進軍營搜查朱三太子時，吳三桂爲了避免災難纏身，當著陳圓圓的面，竟然憤恨的摔死那個三歲的小皇子！……劇痛之下，陳圓圓暈倒。
黎明時，吳三桂命令拔營南下，當他走進陳圓圓帳中時，只看見一把扯斷銀弦的琵琶，從此陳圓圓不知所終……
至此，崇禎年間大明、滿清、大順三方，改朝換代中的風雲人物，流入歷史長河……