「夏亞的反叛」的第二次新吉翁戰爭12年後，宇宙世紀105年（U.C.0105），一個名爲「馬夫蒂」的反地球聯邦組織開始以暗殺政府高官的方式對抗強權統治的地球聯邦政府。該組織領導人馬夫蒂·納比尤·艾林的真實身份，是曾與阿姆羅·雷並肩作戰的一年英雄布萊特·諾亞之子——哈薩維·諾亞。雖被展現奇異力量的少女琪琪·安達露西亞言語捉弄，但哈薩維仍爲實現馬夫蒂的目標而步步推進。與此同時，追捕馬夫蒂的聯邦軍大佐凱奈斯·斯雷格收到了刑事警察機構漢德利·約克桑的密約提議。在哈薩維與肯尼斯各自爲實現目標而行動時，琪琪亦爲履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。