魔法が技術として確立され、約一世紀が過ぎた二〇九五年四月。
魔法師を育成する國立魔法大學付屬第一高校、通稱「魔法科高校」に二人の兄妹が入學した。
一人は魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄・達也。
もう一人は完全無欠の魔法師として讃えられる優等生の妹・深雪。
時に戀人同士と間違われるほど仲睦まじい二人だが、ほんの數年前までは、まるで女主人と使用人のように冷え切った関係だった。
その関係が変わった背景には、ある出來事があった。
三年前の沖縄。
深雪にとって忘れられない出來事によって、二人の心と、その運命が大きく変わっていく。 ...