小智（松本莉香 配音）來自真新鎮，他的目標是要成爲神奇寶貝頂級訓練師。在即將展開訓練師旅程的一天，因爲遲到，他並沒有拿到初始的小精靈。大木博士（石冢運昇 配音）見狀，便送了一隻不願進精靈球和非常調皮的皮卡丘給這位失落的年輕人。於是，他們倆便踏上了精靈寶可夢的旅程。
在旅途中，他們的之間的隔閡逐漸打破，並認識了同行的夥伴誠子（佐藤刊里 配音）與宗次（本鄉奏多 配音），並聽到了有關鳳王的傳說。「受到虹色之羽的引導，見到鳳王的人，就會成爲彩虹勇士...」
本部劇場版是《神奇寶貝》動畫系列的第二十部電影。該部電影的劇情是系列動畫第一集《神奇寶貝！就決定是你了！》 ...