小智（松本梨花 配音）帶著皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴們繼續前行在冒險的旅途之中。路上，一行人遇見了帶著神奇寶貝胡巴（釘宮理惠 配音）的少女麥亞麗（中川翔子 配音）。胡巴能夠製造出神奇的時空圓環，帶領大家在不同的地點來回穿梭。
地處沙漠腹地的城市迪賽魯西坦到了，曾經，在這裡發生過一場聲勢浩大的神奇寶貝戰爭，亦是因爲這場戰爭，這裡才成爲了乾涸少水的沙漠。在這裡，麥亞麗和哥哥巴爾扎（藤原龍也 配音）匯合了，讓大家沒有想到的是，巴爾扎竟然得到了封印著可怕神奇怪手的瓶子。在誤打誤撞之中，封印被解開了，那個曾經終結過迪賽魯西坦的可怕怪獸重見天日， ...