某日,野原新之助(矢島晶子 配音)正在公園裡和風間(真柴摩利 配音)、妮妮(林玉緒 配音)等朋友們玩耍,意外遇見了一位名爲金有久美子(釘宮理惠 配音)的神祕女子,久美子告訴小新,自己來自於遙遠的未來世界,而彼時已經長大成人的新之助,正是自己的未婚夫。
跟隨著久美子,小新一行人來到了未來,在那裡,金友電機的社長,亦是久美子的父親金有增藏手握大權,並且綁架了一直和自己作對的新之助。得知小新的到來會阻礙自己的計劃,增藏派出了刺客,在強大的敵人面前,小新能否順利救出新之助,並且幫助面前這個陷入了黑暗之中的世界重新找回光明呢?