在一個風和日麗的日子，草帽海賊團正悠閒地在海上航行。突然，天空中出現一個漂浮的小島，娜美及時通知各位規避即將到來的龍捲風，她的能力引起了小島上海賊的注意。這個海賊首領非同尋常，他名叫金獅子史基，在大海賊時代到來前曾和哥魯德•羅傑拼殺爭霸。羅傑被俘後，史基也被投入海底監獄，但他卻斬斷雙腳逃亡，並決心向東海展開復仇。史基意欲拉娜美入伙，雙方不可避免發生紛爭，經過一波三折，娜美最終落入史基手中。爲了救出夥伴，並阻止東海毀滅計劃，草帽海賊團將和史上最強大的敵人展開對決……
本片根據尾田榮一郎同名原著改編，系《海賊王》的第十部劇場版動畫，尾田榮一郎親自擔任製作總指揮。