某天，柯南因感冒在家休息，期間接到了灰原哀的電話。原來灰原做出了APTX-4869的最新解藥，雖然只是試製品，但一心恢復工藤新一身份的柯南仍然迫不及待趕往阿笠博士的實驗室。服藥後，新一終於回到原有狀態，不過周遭的一切卻似乎有所改變：博士院子裡的樹長高了，出現許多新的建築物，體育老師變得蒼老，班裡的同學全是陌生面孔，甚至元太、光彥和步美也都變成高中生的模樣。
他找到同樣變成高中生的灰原，得知自己在過去的10年裡不斷服用解毒藥導致產生抗藥性，最近5年已無法變會原有狀態。失落的柯南無奈看著周遭的轉變，更讓他倍受打擊的是，小蘭決定放棄杳無音訊的新一而嫁給新出老師。 ...