某日,一羣使用風遁之術的空忍空襲火之國,無數民衆和忍者遇害,形勢危急。據綱手大人所言,這羣不速之客正是在第二次忍者大戰中落敗的空之團,如今他們懷著復仇之心再次出現。卡卡西(井上和彥 配音)等人則負責偵查空之團的老巢,鳴人(竹內順子 配音)、小櫻(中村千繪 配音)、雛田(水樹奈々 配音)受命組成三人醫療小隊,協助名醫神農(石塚運昇 配音)前往其徒弟雨琉的家鄉醫治傷者。另一方面,病入膏肓的大蛇丸得知神農的再生之術業已完成,他命佐助(杉山紀彰 配音)前去尋找神農。這也促成佐助和昔日夥伴宿命的重逢……
本片爲《火影忍者》第五部劇場版動畫。