TV2003重製版，是爲慶祝EVA企業十周年而重置的版本，畫面和音效都有提升。在TV95版的基礎上重製了21-24四話重製的部分稱作「Video」。加上原有的26集，03版共26話，一共30集。這個版本中21與22，23與24，25與26，27與28都是相同的內容。只不過21，23，25，27和原來一樣，而22，24，26，28中增添了一些新的東西。
突襲世界的大災難「第二次衝擊」後，世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以爲能見到父親迎接的他，卻見到名爲「 使徒」的巨大生物與軍隊交火。危急之下，特務機關NERV的葛成美里將真嗣救下，並將其帶往碇元渡所統領的NERV總部。 ...