宇宙有翼骨獸格蘭達出現在了宇宙空間裡。Super GUTS和戴拿奧特曼都在戰鬥中落了下風。千鈞一髮之際，TPC極密製造的戰艦普羅米修斯號出現，救下了戴拿。
幾天後，在克利歐莫斯島召開了普羅米修斯的說明會。Super GUTS前去參加，見到了開發負責人如月淚博士（杉本彩飾）。普羅米修斯號是靠人類的思考數據來模擬人的行爲進行戰鬥的，爲了獲取數據，她希望能把Super GUTS隊員的戰鬥經驗移植給普羅米修斯號。
飛鳥信（鶴野剛士飾）作爲第一個數據移植者，在移植過程中失去了意識。此時，謎一樣的UFO入侵了克利歐莫斯島。敵人擊退了Super GUTS的攻擊， ...