園田真理、菊池啓太郎的侄子條太郎、海堂直也與不知何時回來的草加雅人，一同經營著「菊池西洋洗滌鋪」，同時也爲俄爾以諾提供庇護。
而由政府重組的智腦公司已轉變爲一家旨在消滅俄爾以諾的公司，由北崎領導。
某天，爲拯救被追殺的俄爾以諾，草加與海堂變身爲假面騎士凱撒和蛇俄爾以諾，與消滅俄爾以諾小隊的隊長胡桃玲菜交戰。
在那裡出現了消失數年、下落不明的乾巧。乾巧變身爲全新形態——假面騎士次世代555（暫譯），作爲智腦公司陣營的頭部戰力，與真理等人對戰。
遭到攻擊的真理等人都對此感到不解。乾巧爲何會出現在智腦公司？失蹤至今都在做些什麼……
這一戲劇性的重逢，拉開了俄爾以諾與人類故事的新篇章……