康熙12年11月，吳三桂聯合耿精忠、尚之信發動了三藩之亂。占領了江南大部，20歲的康熙皇帝，派兵三路應敵，局勢相當緊張，而此刻，黃河大水泛濫。
安徽巡撫靳輔受命加收救災捐稅，在籌款過程中，歙縣知縣唐敏，爲了討好上司，不顧百姓死活，催逼勒索，交的節流最多，靳輔對此並不知情，當衆表揚了他。唐敏得到巡撫賞識更有恃無恐。而上交款子最少的知縣于成龍卻不買帳，不僅頂撞了靳輔，還挪喻靳輔是個昏官。
靳輔知道于成龍是個清官，不與他計較，也不因人廢言。他派徽州徐知府下歙縣調查。不料唐敏心狠手辣將徐知府毒殺，靳輔又派于成龍前往調查，哪知于成龍正要查案，被淹沒的安徽災區發生了饑荒，明朝餘黨所謂的朱三太子又派楊氏父女等人到災區策反，煽動饑民暴動以策應吳三桂的叛亂。
饑民衝進縣城，要搶動糧倉。唐敏派兵鎮壓，禍亂一觸即發。于成龍趕到了，發現其中有陰謀，他一面開倉放糧，一面抓捕了兩個朱三太子的爪牙。來調糧的索額圖親信當即扣押了于成龍，並馬上馳報索額圖，私動軍糧是死罪，索額圖回奏康熙，正爲戰事焦急的康熙十分震怒。派人押解于成龍進京，要殺一儆百。
康熙念于成龍爲民作想，最終赦免了于成龍，此時，黃河決堤，原河道總督畏罪自殺，康熙任命靳輔爲河道總督，專職治理黃河。唐敏巴結上索額圖升任京官。
靳輔想先從河南入手考查災情。途中，在邯鄲呂祖祠遇見了布衣陳潢。兩人交談中，靳輔見陳潢對黃河水患的歷史了如指掌，對治理黃淮也有許多高見。便把陳潢收爲幕僚。
一路上靳輔看到了受災百姓苦不堪言，急切地想根治黃河，連向康熙上了八道本章。
靳輔開始了治河工程。唐敏遇有機會便給靳輔出難題。朱三太子也親自到清河。從中作亂，給靳輔添了許多麻煩。好在有陳潢的幫助，有曾經受過他恩澤的饑民的支持，靳輔終於堵住了決口，使何水復歸河道。
康熙勘察黃河，在清江河道召見了靳輔。康熙說明平三藩戰爭局勢好轉，要加快黃河的治理。康熙的急切心情感動了靳輔，他保證三年爲期讓黃河清。索額圖當即抓住這句承諾，大做文章，向各省發了明諭。事後，陳潢對靳輔說，三年的時間太短，根本無法使黃河清。靳輔只得硬著頭皮領著大家治河，累得暈倒在大堤上。
第二年黃河又遇大水，黃河又有幾處決口。索額圖發動自己的親信，紛紛寫摺子彈劾靳輔。明珠則力保靳輔。幸而康熙皇帝認爲，不能以一次的決堤論成敗。派曹寅從江南織造調款支持河工和賑災。靳輔十分感動。
隨後，于成龍出任安徽按察使，主張按大禹的辦法疏濬黃淮入海口。指責靳輔的治河辦法——諸如束水沖沙、修減水壩等，都有孛古訓。康熙讓靳輔回答，靳輔和陳潢上書說明，現在的黃河已經不是古時的黃河，不能拘泥於大禹成法。束水沖沙是解決懸河的最佳辦法。入海處，地溼平，挖溝不如築堤。康熙委決不下，派人前去調查，第一次去的人是明珠的黨羽，回來支持靳輔；第二次派的人是索額圖的黨羽，回來支持于成龍。康熙無法表態。
正遇秋汛，靳輔爲了保住新修的大堤，要利用減水壩降低洪水壓力。于成龍爲了保自己一方百姓的利益，親自冒冒著生命危險帶領民工加高減水壩。結果保住了安徽境內沒被水害，卻衝決了下游的大壩。黃水灌入運河，阻斷了漕運，妨礙了康熙對解放台灣的備戰。
康熙震怒了。索額圖乘機攻擊靳輔，把靳輔拘捕起來。後，靳輔面陳隱情，康熙才免了靳輔的總督職務，准許他戴罪立功。
唐敏在撥給河道經費的時候貪汙了巨額撥款，靳輔發覺了，但他是戴罪之身，被索額圖的親信壓制。靳輔告知了明珠。明珠派人調查唐敏，唐敏故伎重演，將來人拉下了水。這時，于成龍插手此案，並察出了唐敏殺人害命的舊案，唐敏被颳了，吐出了他貪汙河道的贓款。
靳輔非常高興，他感謝于成龍，于成龍卻認爲靳輔整天接觸流水般的銀子，三年工程還沒有讓黃河清，一定也是個貪官。仍採取不合作態度。
靳輔在陳潢等人的幫助下，終於在黃河兩岸修整了長堤、建了縷堤、減水壩。沙子被沖走了，河也清了，漕運也通暢了。康熙微服出行，勘察河道，心中非常高興。他在堤上看見了瘦骨嶙峋的靳輔，誇獎了他。靳輔向康熙推薦了陳潢。並且說以前沒有推薦他是因爲治河風險太大，官場也險惡，怕出了事連累了陳潢。康熙在慨嘆之餘，授陳潢三品僉事道銜。
陳潢又向康熙建議開中河。因爲漕運中有一段在黃河主流中行駛，遇風浪或汛期漕船就只能泊在碼頭上等待。于成龍當即反對，說這樣太耗費國力，會增加百姓負擔。靳輔和陳潢說在治河過程中涸出許多土地，可以賣給農民，所得的銀兩可以用來開中河。于成龍又反對，說涸出的土地應歸原主。雙方各執一詞。康熙爲了南北大動脈的暢通，還是贊成了靳輔、陳潢開中河的主張。
明珠的劣行越來越顯露，于成龍連同朝中京官，上本揭發，明珠倒了，靳輔和陳潢都被視爲明珠一黨，被罷了官。陳潢還被投進天牢，他無錢無勢，在獄中受盡折磨，而靳輔也心力交瘁病倒了。
于成龍代替了靳輔，按自己的一套古理治河。結果一場大水下來，黃河決口二十幾處。于成龍自己鎖著自己進京請罪，並且承認黃河要清，只有啓用靳輔、陳潢。康熙明白過來的時候，陳潢已經死在獄中。
旨意下到靳輔家，靳輔領著兒子帶病上路，卻死在赴任途中。康熙得知，無限遺憾。
于成龍到了京師，跪在養心殿外請死。康熙沒有殺他，將陳潢的遺作交給了他，讓他留任河道總督，把治河的大任交給了他。
于成龍大刀闊斧地按陳潢的辦法治理黃河，殫精竭力、夙興夜寐。經過幾任河督、幾代河兵、數百萬河工艱苦卓絕的奮鬥，到康熙五十歲生日的那一年，康熙終于欣慰地宣告天下：海內稱平，民生富庶，民心皆一，河工告成！黃河的大治，爲康熙盛世的開創立下了不世之功。而靳輔、陳潢等人的治河措施和理論，是中華民族治河史上的一筆寶貴財富，有些至今仍有實用價值，一直被借鑑和沿用。