主人公·翔子是就讀於流星學園中等部的中學生。和她很親密的姐姐·響子，自從5年前去海外留學後就失去了行蹤。
某天，身份不明者突然襲擊了翔子。
襲擊了她的是過去被女神雅典娜所封印的邪神厄里斯的手下·邪精靈。
於是翔子得知了雅典娜以及聖鬥士、聖斗少女的存在，同時也知道了自己和姐姐的殘酷宿命。
靈魂被封印的邪神厄里斯即將復活，邪精靈們也變得活躍。
在星矢等人展開銀河戰爭以及與十二宮的惡鬥的另一面，沙織和聖斗少女藉助黃金聖鬥士的力量，展開了與邪精靈的壯烈戰鬥！
並且，惡之撒加也有了復活的徵兆……。
將一切的鑰匙掌握在手的，是爲了成爲聖斗少女而剛剛開始鍛鍊的翔子！
即使被殘酷的命運擊倒，少女們仍然反抗命運。
少女們與諸神的壯烈戰鬥物語開幕！