小黃鴨大電影《媽媽咪鴨》講述了雁羣往南方遷徙的途中，「最棒飛行家」大鵬桀驁不馴愛搗亂，和他的女友晶晶調情時不慎撞散了一羣趕路的小鴨子。不服管教的大鵬決定單飛，不得已和兩隻落單的小鴨子淘淘、憇憇組成了「臨時父子檔」，踏上了一路烏龍的尋親和南遷之旅。
他們經歷了一連串驚險、刺激又有趣的冒險。划過壯美的梯田，爬過冷峻的山脈，遇上好心收留他們的母雞和妻管嚴公雞、搭乘春運卡車的豬羣、半瓶子中醫技能的松鼠。路途中要時刻抵禦想吃掉他們的惡貓，還險些成爲「盤中烤鴨」。大鵬與淘淘姐弟兩的命運緊緊關聯，孤傲的大鵬也逐漸學會了責任與耐心。最後，煥然一新的大鵬得到了女友晶晶的原諒，和兩隻小鴨子組成了愛意滿滿的小家庭。