電影《史前超人》講述的是公元一萬五千年前，高度文明的亞特蘭蒂斯大陸被一場大海嘯掀入海底，隨後新的生命和文明再次在地球誕生。明朝末年，鄭成功的副將唐文瀾在大海中拾獲裝有亞特蘭蒂斯王子的命運女神之匣，並將嬰兒收養爲義子，取名唐律。唐律生來便具有亞特蘭蒂斯人的超能力，神的血脈讓他的外貌始終維持在26歲的模樣。爲了尋找聖石的下落，唐律從歐洲回到2018年的中國，與身世神祕的屌絲女記者朱安安相識，朱安安無意中觸發了引動聖石的媒介，令她也擁有了某些常人不具的異能，兩人鬧出各種匪夷所思的笑話。與此同時，國外某神祕機構的生化科學家、擁有黑暗力量的小矮人月見璃博士一直覬覦聖石，並不惜一切代價找尋與亞特蘭蒂斯有關的事物，正邪大戰一觸即發……