2031年，由於作爲次世代能量裝置而開發的「量子反應堆」的暴走事故，世界劇變。突然從地下蔓延的閃光，吞噬都市樓羣、覆蓋大地，最終，超越、融合了生物、機械、植物的未知特異進化生物「B.R.A.I」出現了。
7年後，翔龍重生爲絕對防衛都市「新翔龍」。它以驚人的速度完成進化，並成爲與陷人類於滅亡危機的B.R.A.I相對抗的人類最後的希望要塞。
被命運所引導而集合在新翔龍的雷昂、可依、坤靈、道格。將他們迎入防衛軍的塞西爾、凱恩、傑、格倫。於是，賭上人類存亡而戰的特殊部隊「潘多拉」誕生了。
契約之時，希望被託付給了他們——