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故事的舞台是網際網路系統發達的都市「DEN CITY」。
在那裡有經由巨型企業「SOL技術社」通過高度的網絡技術構築而成的被稱爲「LINK VRAINS」的VR空間。人們都在那個VR空間中爲體驗到全新的決鬥而狂熱。可是在「LINK VRAINS」中卻出現了利用決鬥來進行黑客行爲的謎之黑客集團「海諾因騎士團」。而他們的目標是將存在於網際網路的某處的「AI們的世界=電子界」毀滅。
然而在世界受到這樣的威脅時，有一名決鬥者站了出來。而他的名字正是「Playmaker」。
在那場傳奇的戰鬥中，「Playmaker」使用壓倒性的決鬥將「海諾因騎士團」打倒，成功捕獲了「SOL技術社」和「海諾因騎士團」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然後卻突然消聲匿跡了，而他的名字就在網際網路的世界中一瞬間變得聲名遠播，成爲了傳說。
而現在，作爲「Playmaker」的正體的某位高中生藤木游作，爲了尋找過去發生的某件事件的真相，對再次在「VRAINS」出現的「海諾因騎士團」展開了追擊...... 以此爲契機，命運的齒輪就此轉動……
迷之AI的真身，「海諾因騎士團」盯上「Link Vrains」的目的，以及隱藏在游作過去的真相到底是———
所有的答案，都在「Link Vrains」中