夏日的一天,紅髮女孩瑪麗(杉咲花 配音)被送到阿姨夏洛特所在的鄉間小屋度假。初來乍到,瑪麗對周遭的一切還不那麼適應,特別是調皮男孩彼得(神木隆之介 配音)有意和她對著幹,令瑪麗實在高興不起來。偶然一次的林間探險,瑪麗見到了傳說中的魔法之花「夜間飛行」,還找到了一柄破掃帚。偏偏這把魔法掃帚載著瑪麗飛上天空,來到了專門培養魔法師的恩德學園。在這個神奇的所在,瑪麗受到曼布勒切克女士(天海佑希 配音)的殷勤接待,還邂逅了怪模怪樣的D博士(小日向文世 配音)。雖然女孩懵懵懂懂成爲了魔法學員,可是他很快發現了這裡所隱藏的祕密……
本片根據改編自瑪麗·斯圖爾特的英國兒童文學小說改編,是米林宏昌離開吉卜力工作室後製作拍攝的第一部動畫長片。