公元2067年，以銀河系邊境的星係為中心，喪失自我而狂暴化、極盡破壞之能事的「Var」症候羣，正在逐漸擴大。察覺事態嚴重性的星間複合企業體，爲了將這一症狀鎮靜化，將少女們的「戰術音樂組合Walküre」與執行共同作戰的「Valkyrie部隊」編成到一起。
另一方面，「風之王國」的被稱作「空中騎士團」的「謎之Valkyrie部隊」開始行動。在「原始文明的遺產」之謎的交錯當中，超越星系的熱切戀情與友情的物語開幕。
《超時空要塞》新作動畫《超時空要塞Δ》製作的消息於2014年10月發表。2015年9月正式確定標題，同年10月29日舉辦了製作發表會，12月31日放送特別節目。