革命歷228年，冬。從屬於E.U.聯盟聯軍的W Zero部隊中尉阿基德（入野自由 配音）迎來了與哥哥——布里塔利亞帝國聖米迦勒騎士團的團長信•修加•夏音度（松風雅也 配音）的決鬥。成瀨幸也（松岡禎丞 配音）製造的炸彈雖然摧毀了帝國1/3的戰鬥力，但是他們仍然面對著爲數衆多的對手。敵我差距懸殊，獲勝希望渺茫。關鍵時刻，騎士團下的阿修羅隊隊長阿修雷・阿修羅（寺島拓篤 配音）臨陣倒戈，加入阿基德他們一方。決戰前夕，阿基德剪下自己的一撮頭髮，交到蕾拉•瑪露卡爾（阪本真綾 配音）的手中。
歷經戰火的洗禮，他們之間的關係悄然發生著改變。希望還是絕望，前路迷茫……