故事發生在虛構的未來世界,彼時,人類因爲疏忽和大意而失去了制海權,海洋,成爲了人們可望而不可即的所在,盤踞在那裡的,是一股名爲「深海棲艦」的強大勢力。爲了同這股勢力抗爭,一羣名爲「艦娘」的女孩子們出現了,在她們的體內,棲息著艦艇之魂,亦是明日呢化身成爲各式各樣的戰艦,爲了人類的和平做著不懈的努力。
平日裡,艦娘們在名爲「鎮守府」的大本營里進行日常生活和訓練,某日,一位名叫吹雪(上阪堇 配音)的活潑女孩出現在了大家的面前,初來乍到的她躊躇滿志,熱情滿滿地加入了艦隊的新生活中去,在這裡,充滿了精彩和刺激的日常就此展開。