故事發生在虛構的未來世界，彼時，人類因爲疏忽和大意而失去了制海權，海洋，成爲了人們可望而不可即的所在，盤踞在那裡的，是一股名爲「深海棲艦」的強大勢力。爲了同這股勢力抗爭，一羣名爲「艦娘」的女孩子們出現了，在她們的體內，棲息著艦艇之魂，亦是明日呢化身成爲各式各樣的戰艦，爲了人類的和平做著不懈的努力。
平日裡，艦娘們在名爲「鎮守府」的大本營里進行日常生活和訓練，某日，一位名叫吹雪（上阪堇 配音）的活潑女孩出現在了大家的面前，初來乍到的她躊躇滿志，熱情滿滿地加入了艦隊的新生活中去，在這裡，充滿了精彩和刺激的日常就此展開。