正享受短暫假期的公安九課少校草薙素子（阪本真綾 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的報告，西之內某處大廈遭受恐怖分子襲擊，政府高官和商業巨擎被人殺害。在草薙的指揮下，九課的石川、波瑪、帕茲、巴特等人通力合作，將恐怖分子徹底制服，但草薙在行動中意外受到神祕病毒感染。在西之內恐怖襲擊的同時，遠郊的水壩發生爆炸案。新濱縣刑警陀古薩（新垣樽助 配音）傳喚水壩管理企業負責人沙特博士，對方是來自飽經戰火的卡森共和國的卡爾迪斯人。受警方高層施壓，陀古薩沒有得到任何有用信息。另一方面，草薙一方得知恐怖分子的真實身份，正是卡爾迪斯的游擊隊組織。兩起案件意外聯繫在一起，其背後隱藏怎樣的真相？
本片根據士郎正宗的原作改編，爲攻殼機動隊前傳「ARISE」的第三部。