1937年，日本帝國主義的鐵蹄蹂躪中原，巍巍古都南京淪陷，數萬軍民被喪失人性的侵略者殘忍殺害。屍橫遍野，血流成河，當年繁華的南京城已經成爲令人不忍卒睹的人間地獄。侵略者無視國際條約，對西方國家劃定的安全區也垂涎三尺。在市中央，置身於炮火硝煙之中的聖馬德倫教堂巍峨聳立，竭盡全力庇護來此避難的人們。神父不願離去，法比（張嘉譯 飾）硬撐著留下來陪伴。生活在最底層的玉墨（宋佳 飾）、春池（高葉 飾）、豆蔻（張可佳 飾）等人輾轉來到教堂，可即便落難如斯仍不免遭受其他同胞的蔑視和嘲諷。
命運的考驗越來越殘酷，爲了保衛至高無上的生命，法比、戴濤（胡歌 飾）等人共同經歷了人生最徹頭徹骨的洗禮……