在相信魔法存在的東方,從小夢想成爲魔女的琪琪(小芝風花 飾)終於迎來了13歲的月圓之夜。她帶著黑貓吉吉(壽美菜子 配音),告別了爸爸(筒井道隆 飾)媽媽(宮澤理惠 飾),帶著祝福踏上了爲期一年的修業之旅。歷經艱辛,琪琪看中了佇立在大海中央的港口城市克里克,面帶笑容的她得到了經營麵包房的索娜阿姨(尾野真千子 飾)的接納,於是決定在這裡開展她的快遞送貨業務。在此期間,她與熱愛飛行器的少年蜻蜓(廣田亮平 飾)誤會,也通過送貨結交了許多朋友。誰知動物園小河馬患病的消息,卻讓她背負上詛咒的惡名。憂心忡忡的琪琪,突然喪失了飛翔的能力……
本片根據角野榮子的同名原作改編,此前該作品曾被宮崎駿拍成動畫搬上銀幕。