經過與一十一（神木隆之介 飾）的惡戰，瀨文焚流（加瀨亮 飾）身受重傷，命幾不保。在此期間，青池裡子（栗山千明 飾）隨女兒小潤（森山樹 飾）悄然離開醫院；而各國政要的一次關於簡單計劃的祕密會議上，自稱卑彌呼的日本代表抹殺所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人類宣戰。世態險惡的當下，瀨文急急出院，和當麻紗綾（戶田惠梨香 飾）一同調查青池母女的行蹤。而野野村組長（龍雷太 飾）則獨自行動，查找簡單計劃病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登場，殘酷的殺戮卻從未停止。關於前人類的祕密昭然若揭，慘烈浩大的人種戰爭即將拉開序幕……
本片爲SPEC系列完結篇的前篇。