明朝崇禎15年，全國內憂外患，大將孫傳庭（戴立忍 飾）臨危受命帶著妻子馮氏（馮波 飾）來到潼關抵抗李自成的軍隊。與此同時游醫吳又可（馮遠征 飾）懷著濟世救人之心來到潼關拜訪師傅——藥局提領趙川（錢學格 飾）。大敵當前，孫傳庭軍中士兵染上怪病，同時還要面對崇禎皇帝（余少羣 飾）的催促出兵和潼關豪紳顧清遠（馬精武 飾）等人的自私斂財。趙川因施救不力以身殉職，吳又可在危難之時挺身而出，靠著不同尋常的治療方法與孫傳庭惺惺相惜。最後瘟疫終於被控制住，但是國家的病症能否被戰爭治好吳又可和孫傳庭都無法預料。
本片主題曲由BossaNova女王小野麗莎演唱，這是小野麗莎首次用中文演繹自己的歌曲作品。