西元2199年，來自太陽系外的敵人加米拉斯帝國，爲了挽救母星的危亡，開始侵略其他星球。地球軍在與加米拉斯帝國軍的交戰中慘敗，同時加米拉斯帝國軍向地球發射大量含有放射能的遊星炸彈。地球的抵抗力量越來越弱。本與加米拉斯爲雙子星球的伊斯坎達爾星球仗義相助，向地球發送了波動引擎和波動炮的設計圖紙，並告知地球軍本星球擁有清除放射能的設備「宇宙清洗器D」。在與歐洲、美洲失去聯繫的情況下，地球防衛軍利用伊斯坎達爾星球提供的技術將沉睡於海底的大和號改造爲宇宙戰艦。大和號全體乘員踏上了取回「宇宙清洗器D」的漫漫征程。