進入正化年間（始自1989年），爲了改善混亂墮落的社會風氣，日本政府頒布《媒體良化法》，並成立特殊部門對所有可能影響世人身心健康的書籍進行查封與銷毀。可與此同時，言論自由也遭到粗暴遏制和打壓。爲了捍衛自由思想，名爲「圖書館自衛組織圖書隊」的組織應運而生，他們爲了保護書籍拿起武器，許多人爲此獻出生命。高中時代曾被視爲「王子大人」的圖書隊員相助，熱血女孩笠原郁（榮倉奈奈 飾）決意加入圖書隊，可是負責訓練她的二等圖書正堂上篤（岡田准一 飾）似乎總有意刁難笠原，而女孩依舊憑藉自己的努力成爲一名圖書特殊部隊成員。在接下來的日子裡，笠原和堂上教官、同期手冢光（福士蒼汰 飾）的友情和信任日益加深。未過多久，左右言論自由的重大事件到來，圖書隊和媒體良化隊宿命的戰爭拉開大幕……
本片根據有川浩的「圖書館系列」的第一部改編。