E.U.聯盟和布里塔利亞帝國曠日持久的戰爭在皇曆2010年發生轉機，帝國派出壓倒性的兵力突襲遠東日。在很短的時間內，日本這個國家不復存在，從此作爲「11區」寫入歷史。舊日本人民流往世界各地，飽受歧視，心中滿是憤懣和不甘。2017年，E.U.聯軍132部隊向聖彼得堡挺進，但遭到帝國軍隊的圍困，面臨全軍覆沒的危險。聯軍少校蕾拉·瑪露卡爾（阪本真綾 配音）將舊日本青年組成非正規軍W Zero部隊，並提出以這支部隊營救132部隊的建議。但是在最爲兇險的前線，他們不過肩負著犧牲自己來營救友軍的悲哀命運。慘烈的對決過後，W Zero部隊的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任務。
而戰爭還遠遠未曾結束，新的陰謀與危機浮出水面……