掌控日本國家未來的御前會議上，衆要員商議著以獵殺SPEC持有者爲目標的「SIMPLE PLAN」，神祕的法蒂瑪第三預言亦被提及。數天後，暗中執行獵殺計劃的政府成員突然於遊艇上全員木乃伊化死亡。案件交由未詳系的當麻紗綾（戶田惠梨香 飾）和瀨文焚流（加瀨亮 飾）負責。調查途中兩人接到志村美玲（福田沙紀 飾）的求救電話，趕赴救援時與瀨文的前同僚兼前戀人青池裡子（栗山千明 飾）不期而遇。當麻將美玲帶回未詳系，原本已經死去的陽太/一十一（神木隆之介 飾）竟從容現身於她們面前。竭力壓制著蠢蠢欲動的左手，當麻無力的目睹美玲匆忙留下「一定要阻止法蒂瑪第三預言」的信息後被陽太帶走。
在陽太的惡意煽動下，普通人類與SPEC持有者間的矛盾日益激化。身處兩者夾縫之中，當麻對法蒂瑪第三預言和人類未來的走向充滿了迷惑。瑪利亞、白衣教皇、左手持火之劍的天使……預言中的關鍵人物們若隱若現，黑暗降臨的未來是否終將無法避免？