抱持著幫助他人而化身魔法少女，與此同時卻必須背負著殘酷的命運。在接二連三的戰鬥中，善良的美樹沙耶加（喜多村英梨 配音）徹底耗儘自己的生命。當她的屍體被曉美焰（齋藤千和 配音）和佐倉杏子（野中藍 配音）帶回時，令她的好友鹿目圓（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲傷與痛苦。而從丘比（加藤英美里 配音）那裡聽說到魔法少女的宿命之說，不禁讓她受到前所未有的觸動。在杏子的建議下，小圓決定救助沙耶加，而她們即將與最強的魔女之夜（水橋香織 配音）碰面。有關魔女的前途與生命，她們走上一條兇險非常的道路……
本片爲魔法少女的劇場版，分三部上映，由TV版12話重新編集而成。