故事發生在箱庭學園，黑神目瀧（豐崎愛生 配音）是學園一年級的新生，作爲學校里的學生會長，黑神擁有完美的外表，優異的成績，強健的身體和豐厚的家底，如此完美的女神，在生機勃勃的校園裡會遇見怎樣有趣的故事呢？
人吉善吉（小野友樹 配音）是黑神的青梅竹馬，兩人從小玩到大，彼此之間感情十分要好。作爲支持率百分之九十八的學生會長，黑神聯手人吉善吉設置了「意見箱」，同好友阿久根高貴（浪川大輔 配音）、喜界島楓夏（芽野愛衣 配音）等人一起，解決校園中的各類疑難雜症。然而，隨著黑神的勢力越來越大，一些不友好的聲音隨之而來。