傑森·伯恩事件引起連鎖反應，踏腳石（Treadstone）計劃以及CIA用藥物控制強化特工的行徑通過報紙公之於衆，令其幕後人物坐立不安。爲了阻止滿盤皆輸的局面出現，CIA高層決定中止該計劃，並將相關特工人員以及科學家從行動中抹殺。在此後的日子裡，那些深藏在國家政治最底層、依靠藍綠藥丸執行各種絕密任務的特工相繼殞命，而負責染髒雙手的執行人——前美國空軍上校艾瑞克·貝爾（愛德華·諾頓 Edward Norton 飾），正慢慢將屠刀伸向隱藏在位於阿拉斯加崇山峻岭、暴雪深山中的特工艾倫·克勞斯（傑瑞米·雷納 Jeremy Renner 飾）。
突如其來的炮火襲擊令艾倫意識到自己所處的危險境地，在之後的日子裡，他不僅要在昔日同伴的追殺中求生，還必須設法找到那曾爲他提供源源不斷體能和智力的藍綠藥丸……