剛剛結束了與叛忍集團「曉」的抗爭,木葉村被一股詭異不祥的氣氛所籠罩。此時此刻,漩渦鳴人(竹內順子 配音)沉浸在對家人的思念中,孤獨無助。某個晚上,心情糟糕的鳴人巧遇剛剛和家人吵架的小櫻(中村千繪 配音),二人在公園閒聊之際,神祕的斑(內田直哉 配音)突然出現,並向二人使出瞳術。眩暈過後,鳴人和小櫻發現看似一如平常的木葉村,曾經熟悉的夥伴竟然性格發生巨變。一連串不正常的事件令二人苦惱不已。更令人難以置信的是,包括佐助以及鳴人的父母波風水門(森川智之 配音)和玖辛奈(篠原惠美 配音)也出現在他們的面前。斑的陰謀慢慢展開……
本片根據岸本齊史的漫畫原作改編,爲該作品第九部動畫劇場版。