第二季的故事將從上一季最後一集的情節拉開帷幕。
警視廳搜查一科「特別犯罪對策室」被迫解散，室長大澤繪里子（天海佑希 飾）引咎辭職，準備從成田機場出發回去美國，可是就在機場等待時她接到了野立信次郎（竹野內豐 飾）的電話。警界高官黑原健蔵將成爲反政府組織「黑月」的下一個狙擊目標，而「黑月」重要成員高倉龍平在護送中逃脫。雖然繪里子和對策室各成員紛紛趕往現場，但黑原依然中彈，而犯人逃脫。身負重傷的黑原被迫辭職，爲了承擔責任，對策室再度解散，繪里子去了美國。兩年後，當上參事官的野立以接手某個重要案件爲契機，使得對策室再度復活。
木元真實（戶田惠梨香 飾），片桐琢磨(玉山鐵二 飾) ，花形一平(溝端淳平 飾) ， 山村啓輔(溫水洋一 飾) 和岩井善治(小林友治 飾) ，這一班烏合之衆是否還能再次聚首，爲繪里子和對策室效力？而野立這一次是否依然可以說服繪里子擔任室...