明朝成化年間，朝綱腐敗，奸邪當道。西廠東廠爲宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，朝野內外噤若寒蟬。時有趙懷安（李連杰 飾）等流亡劍客挺身而出，接連剷除東廠數名奸佞，致令閹賊膽戰心驚。適值此時，風頭正勁的西廠督主雨化田（陳坤 飾）出面干預。另一方面，宮女素慧容（范曉萱 飾）懷有身孕，絕命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神祕俠客凌雁秋（周迅 飾）相救。二人一路輾轉逃往關外，來到曾經引起過腥風血雨的龍門客棧落腳。龍門客棧一如往昔，爲兇險異常之所在。雨化田手下追趕至此，與先前而至的韃靼商隊劍拔弩張，關鍵時刻更有與雨化田長相極其相似的卜倉舟（陳坤 飾）與女俠客顧少棠（李宇春 飾）投宿客棧。不久，趙懷安一衆也偷偷潛至龍門。
各方勢力雲集於此，新的正邪之戰即將展開，更有天大的祕密即將揭開……