爲了成爲合格的神奇寶貝訓練師，小智（松本梨香 配音）、天桐（宮野真 配音）、艾莉絲（悠木碧 配音）帶著各自的小夥伴繼續在世界各地旅行。這次他們來到了美麗的山中小鎮艾茵多奧克參加神奇寶貝的比賽，在比賽的時候，小智多次得到一個神祕的小傢伙的幫助。他的反常舉動引起了當地的美麗女孩卡莉塔的注意，最終衆人發現，那個幫助了小智的傢伙就是傳說中擁有神奇力量的神奇寶貝比克提尼（水樹奈奈 配音）。
早在一千多年前，艾茵多奧克所在的土地上有一個美麗富饒的大地之鄉，可是兩個王子的爭鬥摧毀了這個國家的寧靜。老國王藉助比克提尼的力量暫時穩定住了龍脈，而大地之鄉則從此衰敗。作爲古國的後裔，卡莉塔的哥哥德雷多（つるの剛士 配音）決定依靠比克提尼重建大地之鄉……