《毒太陽2》的故事將延續前作，繼續展示展現灼熱的、如史詩般的悲劇人生，在充斥著暴力、有如巨大車輪不斷碾過的戰爭里煎熬。
1941年，科托夫將軍和他的家人發生那個驚天巨變之後已經過去五年了。
戰爭一開始，科托夫奇蹟般地從營地逃出，也因此而被判刑。因爲相信自己一定會被蘇聯政府判處死刑，所以，他便作爲一名私人志願者被部隊招收去前線。在戰場上，他無情地打擊德國軍隊。在嚴重受傷後，科托夫被一再的提供光榮退役的機會，但是因爲堅信自己的妻子瑪露莎和女兒娜迪雅已經死在勞工營地，他選擇留在戰友的身邊繼續戰鬥。
事實上，事情的發展已經遠遠超過科托夫的預期。他的妻子和女兒活了下來。女兒娜迪雅，已經成長爲一名戰地護士，她確信自己的父親還活著，正在不顧艱難險阻尋找著他。
1943年，克格勃主要領導人阿森提夫——科托夫的克星，這個人負責科托夫的逮捕和定罪工作。命令由史達林本人親自下達，一定要找到這位前任將軍。
阿森提夫能在這個被戰爭摧毀的國家找到他嗎？更讓人不可理解的是，爲什麼過了那麼久，史達林才下令找他，難道這其中有什麼隱情？