故事發生在二十一世紀初始，日本依舊籠罩在德川幕府的統治之下，柳生宗朗（平川大輔 配音）家中世代經營道場，宗朗本人則肩負著成爲下任當家的沉重責任。儘管身爲德川家康的臣子，但宗朗對幕府的獨裁以及武應學園塾對於反抗學生的暴力鎮壓感到十分不滿。他的不滿招致了飛來橫禍，不僅道場面臨關門大吉的命運，宗朗更是遭到了學生會派出的精銳部隊的追殺。
就在命懸一線之時，一位名爲柳生十兵衛（悠木碧 配音）的紅髮少女突然從天而降擊退了敵方，之後，柳生義仙（水原薰 配音）、真田幸村（釘宮理惠 配音）、後藤又兵衛（小林優 配音）等一干武江少女接二連三的出現在了宗朗的身邊。