奧特戰士們的故鄉——M78·星雲「光之國」遭到神祕敵人的突然襲擊，年輕戰士賽羅奧特曼對自己的力量過於自信，一度陷入危機。在父親賽文奧特曼的幫助下，賽羅奧特曼成功突圍並消滅了敵人。爲了彌補自己的草率，賽羅奧特曼隻身一人擔負起一探敵人真正身份的任務。他戴著父親給予他的萬能物品——賽羅手鐲，向著未知的宇宙空間，獨自踏上旅途。
在經歷艱苦的旅途後，賽羅奧特曼到達了一顆行星。在拯救遭遇巨型機器人兵團蹂躪的行星上的人們時，他和身負重傷、奄奄一息的青年「嵐」以及他的弟弟「小治」相遇。賽羅奧特曼被嵐的勇氣所感動，與他合爲一體，以嵐作爲人類形態，拯救了嵐的生命。之後，通過與行星艾斯美拉魯達的公主艾美拉娜的會面，賽羅奧特曼知曉了敵人的真正身份……操控謎一般的敵方軍團的幕後黑手，是「銀河皇帝貝利亞」！曾被奧特戰士們齊心打倒的邪惡奧特戰士貝利亞復活了！他構築起強大的銀河帝國，展開了稱霸宇宙的征程！
與嵐一心同體的賽羅奧特曼，爲了粉碎皇帝貝利亞的野心，和小治、艾美拉娜公主一同乘坐宇宙飛船——皇家宇宙船，穿梭於浩瀚的宇宙之中！等待著向貝利亞銀河帝國發起挑戰的賽羅奧特曼和他的夥伴們的將會是……？